RとRstudioのアップデートに失敗した...
Rのアップデートのやりかた
stackoverflowのUpdate R using RStudio
結局, RStudioからはできないので, 直接Rを入れて, パッケージはコピーして, Rstudioは別でアップデートしろと。 一応その通りやったのだが , どちらも最新にしたら, Rmarkdownで落ちてしまうようになった。
新しいRをいれると, 古い方はそのままでも, 新しい方をデフォルトにしてくれるようだ.
/Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current がシンボリックリンクで
Current@ -> 3.4
のように指定してある.
なお、Rstudioはhelpのcheck for updates からupdateできた.
この状態だとRstudioでのRmarkdownが開けなかったり, 特定のライブラリが読み込めなかったりした.
ちょっと対応時間かかりそうだったので, Rstudioはそのままにして ,
ln -s 3.3 Current
としてRのデフォルトを古い方に変更しておいた。 で、使えるように戻った.