RとRstudioのアップデートに失敗した...

結局, RStudioからはできないので, 直接Rを入れて, パッケージはコピーして, Rstudioは別でアップデートしろと。一応その通りやったのだが , どちらも最新にしたら, Rmarkdownで落ちてしまうようになった。

新しいRをいれると, 古い方はそのままでも, 新しい方をデフォルトにしてくれるようだ.

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current がシンボリックリンクで

Current@ -> 3.4
のように指定してある.

なお、Rstudioはhelpのcheck for updates からupdateできた.

この状態だとRstudioでのRmarkdownが開けなかったり, 特定のライブラリが読み込めなかったりした.
ちょっと対応時間かかりそうだったので, Rstudioはそのままにして ,

ln -s 3.3 Current

としてRのデフォルトを古い方に変更しておいた。で、使えるように戻った.